美國發芽馬鈴薯輸台計畫引發食安疑，食品技師會曾指出，發芽馬鈴薯輸台後的後市場管理令人憂心，官方實驗室無龍葵鹼檢驗量能，民間也只有2家實驗室可驗，量能嚴重不足。對此，食藥署表示，國有家檢驗機構取得「總醣生物鹼」認證，可檢驗龍葵鹼，分別為台灣檢驗科技股份及歐陸食品間彥股份，實驗室均設置在台北。

根據美方貿易障礙報告，我國將開放美國發芽馬鈴薯輸台。過去農業部規范，美國進口馬鈴薯若檢疫時發現過5毫米發芽，因應美方要求，改為剔除發芽部分後仍可供應加工販售。食藥署食品組組長許朝凱指出，台美貿易行定及美方對各國貿易障礙評估報告所提加工馬鈴薯，係指整顆馬鈴薯輸台作為切片加工使用，並非已切片無法分辨發芽況的產品。

未來若美國馬鈴薯抽驗龍葵鹼低于200ppm但已出現發芽況，可放行進台灣，不整批退運，但須剔除疑部分。

食藥署強調，馬鈴薯發芽屬檢疫議題，由農政單位負責把關；食安方面則依風險分級進行抽驗，若發現龍葵鹼過200ppm，將依規定退運或銷毀。 許朝凱表示，檢出龍葵鹼過200ppm時，除整批退運或銷毀外，業也可提出「改正計畫」，經地方衛生局相關委員會審核，確保輸馬鈴薯均無龍葵鹼疑後放行，此為現行作法，未來將持續執行。

許朝凱進一步說明，現行地方衛生局所設實驗室或民間檢驗機構，對龍葵鹼檢驗方法及技術均有能力可檢驗，只要是官方檢驗報告便有法令效力。考量過去市場需求較低，各家實驗室並未申請認證，食藥署未來將鼓勵民間實驗室申請取得總糖生物鹼認證，以提升檢驗量能。

許朝凱指出，發芽為檢疫議題，由農業部訂出規范，且台美貿易協定簽訂後，若要改變把關規定，需由台北雙方識才能決定。

至于食安把關，食藥署根據「食品中汙染物質及毒素衛生標準」規范，抽驗龍葵鹼限量要低于200ppm以下才放行。許朝凱強調，龍葵鹼毒素與發芽並非直接關聯，馬鈴薯遭太陽射後發生「綠變」，也會產生龍葵鹼，食藥署將一併嚴格把關。